La causa más frecuente en el mundo de deficiencia de lactasa e intolerancia a la lactosa, es la denominada primaria o hereditaria. Es importante considerar que después del destete de la madre, la actividad de la lactasa comience a disminuir progresivamente. En el hombre, esta disminución en los niveles de lactasa puede comenzar aproximadamente entre los dos o siete años. Sin embargo, dado que la disminución de la lactasa es lentamente progresiva, pueden pasar años sin notar síntomas. Esta caída en la actividad de lactasa está programada genéticamente, se hereda en forma recesiva y es permanente en la vida una vez que se instala.
La ausencia de lactasa congénita (al nace), es extremadamente infrecuente, ya que hasta hace poco era incompatible con la vida. Cuando otros padecimientos producen daño en el intestino delgado se puede generar falta de lactasa e intolerancia. Entre los trastornos incluyen enfermedad celíaca, enfermedad inflamatoria o infecciosa del intestino como la giardiasis. La intolerancia a la leche de vaca es una condición de alergia a proteínas de este alimento (no a la lactosa), lo que genera problemas clínicos serios en menores de un año. La intolerancia a la lactosa no es una alergia, sino la incapacidad de digerir el azúcar de la leche y se desarrolla en edad mayores, generalmente entre los dos a siete años de vida.
