Anteriormente se consideraba que la colonización del aparato digestivo daba comienzo de manera inmediata después del nacimiento, pero hoy en día se ha demostrado que empieza todavía antes, cuando aún el bebé se encuentre en el útero de su madre a través de la placenta, con bacterias de los filos y género Antinobacterias, Proteobacterias y Bacteroides. Entre los dos o tres años de edad, tras la introducción de una alimentación sólida en los pequeños, la microbiota intestinal alcanza su estado máximo de madurez y su composición puede permanecer estable durante toda la vida, aunque existen múltiples factores que pueden alterarla. Uno de los más importantes es la alimentación y el uso de antibióticos.
Por este motivo y dadas las particularidades de dicho ecosistema de cada individuo, es complicado definir en qué consiste una composición normal, pero en general puede afirmarse que la microbiota es más saludable cuanto mayor sea su diversidad y equilibro entre las especies.
