La microbiota intestinal depende de los cambios en el estilo de vida y de hábitos alimentarios, siendo los cambios negativos los que alteran a la microbiota benéfica, transformándola en microbiota no benéfica, debido a una baja ingesta de fibra dietética y de agua, falta de ejercicio físico; un incremento de azúcares refinados y de grasas saturadas, provocando la pérdida de diversidad microbiana. Otros posibles factores que alteran la microbiota son el estrés, el incremento de cesáreas, el aumento del uso de antibióticos, la reducción de la lactancia, entre otros.
La microbiota ubicada en el estómago, intestino delgado e intestino grueso, facilita no tan solo el desecho, sino también la asimilación de sustancias alimentarias y a la vez que ayuda a que se forme una benéfica barrera funcional y estructural, aumentando la superficie de absorción, promoviendo la renovación de las células de las vellosidades, incrementando el contenido intra intestinal y acelerando el tránsito intestinal.
